Pada sesi latihan bebas kedua di Misano, Marco Bezzecchi berhasil memimpin dengan mencatatkan waktu tercepat 1:30,624 menggunakan ban belakang lunak baru. Dia berhasil mengalahkan Franco Morbidelli dan Luca Marini, anggota dari VR46 Riders Academy. Sedangkan Pedro Acosta finis di urutan keempat di depan Marc Marquez yang mencatatkan waktu 1:30,480. Sementara itu, banyak pembalap mengalami insiden, termasuk Jorge Martín dan Jack Miller yang menghindari kencangnya dengan selamat.
Di sisi lain, Joan Mir harus beristirahat pada hari Sabtu setelah mengalami kecelakaan parah dan mengalami cedera keras di leher. Hal ini membuatnya tidak bisa mengikuti kualifikasi langsung dan balapan sprint. Meskipun tanpa cedera serius, Mir tetap merasa nyeri di lehernya dan berusaha pulih untuk balapan Minggu. Absennya Mir dalam balapan di Misano tahun lalu juga dipengaruhi oleh kondisi kesehatan yang memburuk.
Dengan demikian, hasil FP2 MotoGP San Marino menunjukkan persaingan sengit antara para pembalap yang berjuang untuk mendapatkan posisi terbaik di lintasan. Semua mata terarah pada perjalanan Mir dalam memulihkan diri dan tampil sempurna di balapan berikutnya setelah insiden yang mengejutkan dalam sesi latihan.
