Valentín Perrone akan memulai balapan dari posisi terdepan di kelas Moto3 di Misano. Pembalap Spanyol-Argentina ini mencatatkan waktu 1:40,328 di akhir sesi yang memberinya posisi pertama di grid di atas Joel Kelso, dengan selisih 0,25 detik, dan Jacob Roulstone, gap 0,92 detik. Baris kedua akan ditempati oleh pemimpin klasemen sementara Kejuaraan Dunia, Jose Antonio Rueda, setelah mengganti satu ban di Q2, mencoba untuk memaksakan dominasi yang ia tunjukkan selama akhir pekan. Ángel Piqueras, yang berada di urutan kedua dalam klasemen keseluruhan, akan start di urutan kesebelas.
Sesi kualifikasi kategori kecil diadakan dalam kondisi cuaca yang baik, seperti pada hari Jumat: panas di Sirkuit Dunia Misano Marco Simoncelli, meskipun dengan beberapa awan, 27º C di udara dan 35º C di aspal.
Sebanyak 13 pembalap ikut serta dalam Q1, dengan kehadiran Alvaro Carpe, salah satu pembalap Red Bull KTM Ajo, yang menonjol. Setelah lap pertama yang lambat, ia menjadi yang tercepat dengan catatan waktu 1:41,651, yang meninggalkan Stefano Nepa di belakangnya dengan selisih lebih dari sepersepuluh detik. Kemudian, Luca Lunetta juga melakukan putaran kompetitif dan memposisikan dirinya di antara pembalap Spanyol dan rekan senegaranya.
Dengan ban baru, Ruche Moodley mengejutkan semua orang. Pembalap Afrika Selatan itu meningkatkan standar dan menempati posisi pertama dengan catatan waktu 1:41,398. Dengan demikian, #21 memimpin ke Q2, di depan Carpe dengan selisih 0,253 detik, bersama Luca Lunetta, meskipun mengalami kecelakaan di sektor pertama, dan Stefano Nepa.
Di belakangnya, ada Nicola Carraro, dengan selisih hanya 0,100 detik, Marcos Uriarte, Cormac Buchanan, yang mencatat waktu yang menempatkannya di urutan ketiga, namun didiskualifikasi karena melebihi batas lintasan, Eddie O’Shea, Ricardo Rossi, Evan Belford, Fadillah Arbi Aditama, Noah Dettwiler, dan Marcos Ruda.
Di Q2, sebagian besar pembalap memilih untuk mengikuti referensi dari Jose Antonio Rueda, tampaknya jadi pembalap terkuat di akhir pekan setelah latihan. Setelah lap pertama, pembalap Spanyol itu memilih untuk masuk pit. Semua orang mengikutinya.
Begitu Rueda kembali ke lintasan, taktik tersebut diulangi, sementara Jacob Roulstone berada di posisi pertama dengan catatan waktu 1:40,807. Kemudian, Valentin Perrone (1:40,667) dan David Munoz menyalipnya, sementara Rueda berada di urutan keempat. Terjadi kecelakaan saat David Almansa crash, motornya berada di tengah lintasan, dan Guido Pini tidak bisa menghindar, terjatuh juga.
Waktu putaran terus menurun setelahnya. David Munoz mencatatkan waktu 1:40,440 untuk menempati posisi pertama, sementara Rueda yang menjadi pembandingnya juga turun menjadi 1:40,569, di posisi kedua. Namun, mobil #99 ingin terus menekan, dan kembali meningkat menjadi hanya 0,059 detik dari motor #64 dengan lebih dari 4 menit tersisa. Rueda memilih untuk tidak masuk pit, tetapi Munoz melakukannya, untuk mengganti ban dalam upaya mengejar waktu.
Namun, Rueda sangat percaya diri dengan dirinya sendiri dan strateginya, dan dengan mengertakkan gigi, ia mampu mengalahkan Munoz, yang tidak dapat kembali ke lintasan tepat waktu, dengan selisih waktu 0,002 detik. Namun, pemimpin klasemen, tanpa penggantian ban, juga mengalami peningkatan: Perrone mengukir 1:40,328, sementara Kelso dan Roulstone berada di depannya di barisan depan. Kualifikasi berakhir dengan Rueda berada di urutan keempat meskipun ia melakukan upaya yang berisiko.
Munoz, tanpa catatan waktu terbaik, berada di urutan kelima di depan Adrián Fernández, Taiyo Furusato, Ryusei Yamanaka, Maximo Quiles, dan Alvaro Carpe. Angel Piqueras finis di urutan kesebelas, di depan Dennis Foggia, David Almansa, Luca Lunetta, Scott Ogden, Guido Pini, Ruche Moodley, dan Stefano Nepa.
