Joan Antonio Rueda menunjukkan performa impresif di kandangnya dan berhasil mencatatkan waktu 1:43,755, hanya berselisih 0,001 detik dari rekor lintasan Moto3. Pembalap Red Bull KTM Ajo ini berhasil menempati posisi terdepan, diikuti oleh Joel Kelso dan David Munoz. Sebelumnya, pembalap Spanyol ini mengalami masalah di Qatar dan datang ke GP Spanyol dengan selisih satu poin dari Angel Piqueras yang akan start di posisi keempat. Kualifikasi Moto3 di Jerez dimulai dengan kondisi cuaca cerah yang menyinari lintasan dan tribune penonton yang penuh sesak.
Dalam sesi awal, 12 pembalap ambil bagian namun terjadi kecelakaan ketika Eddie O’Shea crash. Luca Lunetta mendominasi awal dengan waktu 1:45,086 sebelum kemudian jatuh di Tikungan 13. Hingga mencapai Q2, hanya Jose Antonio Rueda dan beberapa pembalap lainnya yang berhasil menunjukkan performa terbaik. Rueda berhasil mencatat waktu 1:43,755, mendekati rekor lintasan Jerez.
Di barisan depan, Joel Kelso dan David Munoz mengikuti di belakang Rueda. Pada posisi berikutnya adalah Angel Piqueras, Alvaro Carpe, dan Ryusei Yamanaka. Namun, Adrian Fernandez jatuh di lap terakhirnya sehingga posisinya agak terdampar. Kualifikasi di Q1 juga menarik dengan Luca Lunetta, Dennis Foggia, dan Cormac Buchanan menunjukkan performa terbaik mereka. Hasil dari kualifikasi ini menjanjikan balapan Moto3 yang menarik di Spanyol.
