Karena aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil yang penuh dengan keterbatasan hidup di luar Indonesia mulai dari kelas tiga sekolah dasar. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, membawanya memilih Akademi Militer Nasional daripada kuliah di universitas top Amerika, meskipun ia memiliki prestasi yang tinggi di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal di antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden Indonesia keempat, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno terkait Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak dapat menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga mengakibatkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepak bola, debat, dan catur, serta menjabat sebagai ketua redaksi majalah sekolah. Terutama, selama masa ini, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
